Inicio > Infraestructura > Software

Software

Software Libre

ABINIT

ABINIT es una suite de software para calcular las propiedades ópticas, mecánicas, vibratorias y otras propiedades observables de los materiales. A partir de las ecuaciones cuánticas de la teoría funcional de la densidad.
ABINIT puede calcular moléculas, nanoestructuras y sólidos con cualquier composición química, y viene con varias tablas completas y robustas de potenciales atómicos.

BLAST
BLAST encuentra regiones de similitud entre secuencias biológicas. El programa compara las secuencias de nucleótidos o proteínas con bases de datos de secuencias y calcula la significación estadística.
DDA
DDSCAT
Código en FORTRAN para el cálculo de la absorción y dispersión de luz por partículas irregulares, y su organización periódica.
DL_MESO 
Es un paquete de simulación a nivel mesoscópico para modelado molecular y dinámica de fluidos.
DL_POLY 
Es un software de propósito general para la simulación de la dinámica molecular, que puede ser ejecutado de manera paralela o en serie.
DMACRYS 

Paquete utilizado para el modelado de cristales de moléculas rígidas, lo que permite la minimización de energía reticular y el cálculo de propiedades derivadas.

Gamess
GROMACS 
Es un paquete versátil para desarrollar operaciones moleculares dinámicas, como la simulación de las ecuaciones Newtonianas del movimiento de sistemas, con millones de partículas. Está diseñado para moléculas como proteínas, lípidos y ácidos nucleicos.
GULP
LAPACK
Software que provee rutinas para resolver sistemas simultáneos de ecuaciones lineales, problemas de eigenvalores y de valor singular. También se proveen métodos de factorización de matrices (LU, Cholesky, QR, SVD, Schur, etc)
Máxima
Sistema para la manipulación de sistemas algebraicos, expresiones numéricas, diferenciación, integración, series de Taylor, transformadas de Laplace, sistemas de ecuaciones lineales, polinomios, listas, vectores, matrices, etc. con máxima precisión. Soporta graficación en 2D y 3D.
MBPP
NAMD 
NAMD es un software paralelo y orientado a objetos, diseñado para la simulación de sistemas biomoleculares de gran tamaño, con alto rendimiento.
NwChem
Herramienta para química computacional, escalable en su habilidad para resolver problemas eficientemente de manera paralela en HPC.
ORCA
Software de uso general enfocado a química cuántica con énfasis en las propiedades espectroscópicas de moléculas. Ofrece varios métodos como semiempíricos y métodos ab initio.
PW
PWscf
Quantum Expresso 
Suite de código libre para el cálculo y modelado de estructuras electrónicas y materiales en nano escala. Se basa en la teoría de densidad-funcional, onda plana y pseudopotenciales.
SAGE
Software matemático utilizado para resolver problemas de álgebra, combinatorias, métodos numéricos, teoría de números, cálculo, etc. Alternativa open source a Mathematica, MATLAB o Maple.

​​

Software de desarrollo

Compiladores

 

Librerías
  • BOOST

 

MPI
  • MPI

 

Lenguajes de programación
  • C
  • C++
  • Fortran
  • Java
  • Perl
  • Python
  • TCL/TK